Законом України від 16 липня 2015 року №643-VIII «Про внесення змін до Податкового кодексу України щодо удосконалення адміністрування податку на додану вартість» внесено зміни до Податкового кодексу України, зокрема, сільськогосподарським підприємствам, які обрали спеціальний режим оподаткування відповідно до статті 209 цього Кодексу, в системі електронного адміністрування ПДВ до вже відкритих основних рахунків у системі електронного адміністрування ПДВ відкриті додаткові рахунки, призначені для перерахування коштів на спеціальні рахунки сільськогосподарських товаровиробників, відкриті в установах банків та/або в органах, які здійснюють казначейське обслуговування бюджетних коштів.

Таким чином, сільськогосподарські підприємства використовують у системі електронного адміністрування два електронних рахунки: основний та додатковий.

Основний електронний рахунок призначається для проведення розрахунків з бюджетом. На основний електронний рахунок сільськогосподарські підприємства перераховують зі свого поточного рахунку кошти в сумах, необхідних для реєстрації податкових накладних по діяльності іншій, ніж сільськогосподарська.

Крім того, з основного електронного рахунку за заявою платника перераховуються:

до бюджету - суми податкового боргу за несільськогосподарською діяльністю;

на поточний рахунок платника - кошти, що перевищують суму, яка підлягає перерахуванню до бюджету.

Додатковий електронний рахунок призначений для перерахування коштів на спеціальні рахунки сільськогосподарських підприємств.

На цей рахунок сільськогосподарським підприємством зараховуються кошти з поточного рахунку в сумі, необхідній для реєстрації податкових накладних, які складаються сільськогосподарським підприємством при здійсненні операцій з постачання сільськогосподарських товарів/послуг у межах спеціального режиму оподаткування.

З додаткового електронного рахунку кошти автоматично перераховуються Державною казначейською службою України на спеціальні рахунки сільськогосподарських підприємств протягом операційного дня, в якому кошти надійшли на такі електронні рахунки.

Реквізити спеціального рахунку сільськогосподарське підприємство зобов'язане зазначати у податковій звітності з податку на додану вартість.